从20世纪90年代起，吉林大学开始与中科院有关院所签订联合培养人才协议，探索建立长效合作机制。目前，学校有理学、工学、信息学、地学、医学、农学等六个学部的14个学院与中科院所属16家院（所）合作协同培养本科生。数十位专家成为吉林大学双聘院士和兼职教授。中科院已经成为吉林大学创新人才培养的重要支持力量。
吉林大学与科研院所合作形式很多：联合培养本科生和研究生；双聘院士和兼职教授，开展学术交流；以中科院著名科学家名字荣誉冠名我校理科基地班与实验班；选派学生进入中科院做毕业论文；学生到中科院开展大学生创新实验项目；实施暑期中科院所实习计划；中科院在吉林大学设立奖学金；开展名家系列讲座；向中科院免试推荐研究生；促进科研成果转化教学等。通过实施协同育人计划，科研院所获得科技发展生力军，增强科研能力，我校每年有130余名优秀本科生免试推荐进入中科院所属院所就读研究生。仅以我校药学院为例，近五年有46名本科生在科研院所完成毕业论文，毕业论文质量非常高。
高等学校与研究院所合作培养人才，为研究院所输送基础扎实、具有研究能力和创新意识的本科毕业生，有利于国家高层次人才培养。高等学校是为全社会、全行业培养人才，培养口径比较宽，不同特色的大学同时向研究院所输送毕业生，学校会从中感悟本校培养模式的优势和不足，有利于促进教学改革，更新教学理念和教学方法，构建寓教于研的人才培养模式。
科研协作与创新人才培养的时代需求已经成为学校与科研院所协同创新的内在动力。近年来，我校每年选派650余名本科生赴中科院所属院所进行协同培养，本科生从三年级开始进行的课程设计、生产实习、创新实践、毕业论文等实践教学环节，密切结合科研与实际生产，其中创新实践有150余名学生、毕业论文有300余名学生在中科院所属院所完成，进行教学实习的本科生约200余名。
